Στην αρχή του κύκλου προσδιορίζονται οι τιμές της FSH και LH και E2. Ο κύκλος παρακολουθείται υπερηχογραφκά. Όταν το ωοθυλάκιο φτάσει σε ανάλογο μέγεθος λίγο πριν την ωορηξία, χορηγείται χοριακή γοναδοτροπίνη. Γίνεται ωοληψία με μέθη 35-38 ώρες μετά και ακολουθεί η γονιμοποίηση του ωαρίου.

​

Στον τελείως φυσικό κύκλο, υπάρχει η πιθανότητα πρόωρης ωοθυλακιορρηξίας, η πιθανότητα κενού ωοθυλακίου, καθώς και η λήψη ανώριμου ωαρίου ή μη γονιμοποίησης του ενός ωαρίου που υπάρχει. Με τη χρήση μικρής ποσότητας ενέσιμων σκευασμάτων, μπορεί να γίνει τροποποιημένος φυσικός κύκλος , ώστε να μειωθεί (αλλά όχι να αποκλεισθεί) η πιθανότητα ωορρηξίας.

​

Ενώ είναι μια μέθοδος αρεστή και δόκιμη, λόγω της απουσίας φαρμάκων, θέλει συνήθως μεγάλη επαναληψιμότητα, για να επιτευχθεί συλλογή ικανού αριθμού εμβρύων.  Στον φυσικό κύκλο δεν υπάρχει μεγάλη δυνατότητα επιλογής εμβρύων, γι’αυτο και έχει χαμηλότερη πρόγνωση, από το διεγερτικό κύκλο εξωσωματικής.

​ Παρολαυτά, αποτελεί πολύ καλή επιλογή για γυναίκες με πολύ χαμηλό απόθεμα ωοθυλακίων, οι οποίες ακόμη και με τη χρήση ενέσιμων σκευασμάτων δεν παράγουν ωάρια, οπότε δεν υπάρχει λόγος επιβάρυνσης τους.​

Ο μέσος όρος επισκέψεων για παρακολούθηση του φυσικού κύκλου είναι 3.